Naturpark Åmosen er en selvejende institution, som årligt modtager driftstilskud fra Kalundborg Kommune, Sorø Kommune og Holbæk Kommune. Naturpark Åmosen var den første naturpark, der opnåede certificering som naturpark under Friluftsrådets mærkningsordning; Danske Naturparker.

Danske Naturparker er en mærkningsordning for større sammenhængende områder med enestående natur, landskabelig skønhed og kulturhistorisk værdi. 
Naturpark Åmosen ledes af en bestyrelse, som har 12 medlemmer. Bestyrelsen har nedsat et sekretariat og et naturparkråd.

Sekretariatet varetager den daglige drift, og rådet rådgiver bestyrelsen i sager af større betydning og om principielle spørgsmål. Rådet skal endvidere medvirke til, at udviklingen af naturparken sker med bred lokal forankring og opbakning.